中鐵工程設(shè)計(jì)咨詢集團(tuán)有限公司成立于2004年7月1日，由鐵道專業(yè)設(shè)計(jì)院、北京鐵路局北京勘測設(shè)計(jì)院、北京鐵路局太原勘測設(shè)計(jì)院、鄭州鐵路勘察設(shè)計(jì)研究院、濟(jì)南鐵路勘察設(shè)計(jì)咨詢院有限公司等五家企業(yè)重組改制成立。其核心企業(yè)（本部）由原鐵道專業(yè)設(shè)計(jì)院與原北京鐵路局北京勘察設(shè)計(jì)院進(jìn)行內(nèi)部資源重組整合而成。
原鐵道專業(yè)設(shè)計(jì)院的前身是1953年2月新中國成立的鐵道部設(shè)計(jì)局定型設(shè)計(jì)課，1957年11月10日，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，由鐵道部設(shè)計(jì)總局直屬的電務(wù)、工廠、大橋、定型設(shè)計(jì)和航空勘察事務(wù)所組建而成的鐵道部專業(yè)設(shè)計(jì)院正式掛牌。鐵專院各專業(yè)相互獨(dú)立，承擔(dān)全路航空勘測、工廠勘測設(shè)計(jì)及標(biāo)準(zhǔn)設(shè)計(jì)和管理工作。其間歷經(jīng)七年，幾經(jīng)變動，1965年后基本上以航空勘察、標(biāo)準(zhǔn)設(shè)計(jì)、經(jīng)濟(jì)勘察三個專業(yè)為主體，組成為專門從事鐵路基本建設(shè)基礎(chǔ)性技術(shù)工作的勘測設(shè)計(jì)單位?！拔母锲陂g”為保存專業(yè)力量，1970年1月鐵道部軍管會將航空勘察處和標(biāo)準(zhǔn)設(shè)計(jì)處分別整建制劃歸鐵二院和鐵三院領(lǐng)導(dǎo)。1970年8月撤消鐵專院。1978年10月經(jīng)國務(wù)院領(lǐng)導(dǎo)批準(zhǔn)在北京恢復(fù)鐵道部專業(yè)設(shè)計(jì)院，航空勘察處和標(biāo)準(zhǔn)設(shè)計(jì)管理處整建制遷回北京。2001年4月27日，由鐵道部所屬事業(yè)單位改為科技型企業(yè)，更名為“鐵道專業(yè)設(shè)計(jì)院”。根據(jù)鐵勞衛(wèi)函〔2001〕464號《關(guān)于將鐵道專業(yè)設(shè)計(jì)院并入鐵道第三勘察設(shè)計(jì)院的通知》，自2002年1月1日起，鐵道專業(yè)設(shè)計(jì)院并入鐵道第三勘察設(shè)計(jì)院。
原北京鐵路局北京勘測設(shè)計(jì)院，成立于1953年，其發(fā)展歷經(jīng)五十年代的北京鐵路局設(shè)計(jì)科、設(shè)計(jì)事務(wù)所、六十年代的勘測設(shè)計(jì)處、七十年代的勘測設(shè)計(jì)所，到1989年定名為“北京鐵路局北京勘測設(shè)計(jì)院”，具有鐵路綜合、建筑工程、工程測量、地質(zhì)勘察等設(shè)計(jì)甲級資質(zhì)。2004年7月并入中鐵工程設(shè)計(jì)咨詢集團(tuán)有限公司核心企業(yè)。
原北京鐵路局太原勘察設(shè)計(jì)院成立于1954年，是一個綜合性勘測設(shè)計(jì)企業(yè)，先后隸屬于太原工程總隊(duì)、太原鐵路局。1983年，隨太原鐵路局并入北京局，更名為北京鐵路局太原勘測設(shè)計(jì)所。1989年1月1日起，為北京鐵路局太原勘測設(shè)計(jì)院。2003年根據(jù)國務(wù)院國有資產(chǎn)監(jiān)督管理委員會（國資改革函〔2003〕373號）文件，太原勘測設(shè)計(jì)院于2003年11月19日正式劃轉(zhuǎn)中國鐵路工程總公司。
原鄭州鐵路勘察設(shè)計(jì)研究院始建于1953 年，在鄭州鐵路局直屬設(shè)計(jì)科的基礎(chǔ)上組建而成，曾先后易名為鐵道部鄭州鐵路局設(shè)計(jì)事務(wù)所、鐵道部鄭州鐵路局勘測設(shè)計(jì)所、鄭州鐵路局勘測設(shè)計(jì)院、鄭州鐵路局鄭州勘測設(shè)計(jì)院。2001年，鄭州鐵路局進(jìn)行勘察設(shè)計(jì)企業(yè)重組，將所屬甲級設(shè)計(jì)企業(yè)并入鄭州勘察設(shè)計(jì)院，成立鄭州鐵路勘察設(shè)計(jì)研究院。
原濟(jì)南鐵路勘察設(shè)計(jì)研究院始建于1953年，是濟(jì)南鐵路局直屬設(shè)計(jì)科，曾先后易名為設(shè)計(jì)事務(wù)所、工程勘測設(shè)計(jì)隊(duì)、勘測設(shè)計(jì)所。1981年勘測設(shè)計(jì)所升格成為直屬路局的處級單位。1984年改組為勘測設(shè)計(jì)公司。1987年更名為濟(jì)南鐵路局勘測設(shè)計(jì)院。2001年完成了改企建制工作，企業(yè)名稱改為濟(jì)南鐵路勘察設(shè)計(jì)咨詢院有限公司。
2003年11月，以上五家企業(yè)一同劃入中國鐵路工程總公司。2004年4月7日 ，中國鐵路工程總公司召開勘察設(shè)計(jì)企業(yè)重組工作會議，決定將鐵道專業(yè)設(shè)計(jì)院、北京鐵路局北京勘測設(shè)計(jì)院、北京鐵路局太原勘察測設(shè)計(jì)院、鄭州鐵路勘察設(shè)計(jì)研究院、濟(jì)南鐵路勘察設(shè)計(jì)咨詢院有限公司重組整合并改制為中鐵工程設(shè)計(jì)咨詢集團(tuán)有限公司，并成立了籌備組。2004年7月1日中鐵工程設(shè)計(jì)咨詢集團(tuán)有限公司正式注冊成立。
2017年5月，作為國務(wù)院國資委中央企業(yè)首批十戶員工持股試點(diǎn)企業(yè)之一，中鐵工程設(shè)計(jì)咨詢集團(tuán)有限公司以增資擴(kuò)股方式成功完成了員工持股及同步混和所有制改革。